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基因富集分析是分析基因表達資訊的一種方法,富集是指將基因按照先驗知識,也就是基因組註釋資訊進行分類。
什麼是go富集分析,常說的go功能分析、功能分析、pathway分析是什麼意思?
2樓:
gene ontology可分為分子功能(molecular function),生物過程(biological process)和細胞組成(cellular ***ponent)三個部分。蛋白質或者基因可以通過id對應或者序列註釋的方法找到與之對應的go號,而go號可對於到term,即功能類別或者細胞定位。
功能富集分析: 功能富集需要有一個參考資料集,通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的go term。該功能或者定位有可能與研究的目前有關。
go功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成,往往是在go的第二層次。此外也有研究都挑選一些term,而後統計直接對應到該term的基因或蛋白數。結果一般以柱狀圖或者餅圖表示。
1.go分析
根據挑選出的差異基因,計算這些差異基因同go 分類中某(幾)個特定的分支的超幾何分佈關係,go 分析會對每個有差異基因存在的go 返回一個p-value,小的p 值表示差異基因在該go 中出現了富集。
go 分析對實驗結果有提示的作用,通過差異基因的go 分析,可以找到富集差異基因的go分類條目,尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
2.pathway分析
根據挑選出的差異基因,計算這些差異基因同pathway 的超幾何分佈關係,pathway 分析會對每個有差異基因存在的pathway 返回一個p-value,小的p 值表示差異基因在該pathway 中出現了富集。
pathway 分析對實驗結果有提示的作用,通過差異基因的pathway 分析,可以找到富集差異基因的pathway 條目,尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關。與go 分析不同,pathway 分析的結果更顯得間接,這是因為,pathway 是蛋白質之間的相互作用,pathway 的變化可以由參與這條pathway 途徑的蛋白的表達量或者蛋白的活性改變而引起。而通過晶片結果得到的是編碼這些蛋白質的mrna 表達量的變化。
從mrna 到蛋白表達還要經過microrna 調控,翻譯調控,翻譯後修飾(如糖基化,磷酸化),蛋白運輸等一系列的調控過程,mrna 表達量和蛋白表達量之間往往不具有線性關係,因此mrna 的改變不一定意味著蛋白表達量的改變。同時也應注意到,在某些pathway 中,如egf/egfr 通路,細胞可以在維持蛋白量不變的情況下,通過蛋白磷酸化程度的改變(調節蛋白的活性)來調節這條通路。所以晶片資料pathway 分析的結果需要有後期蛋白質功能實驗的支援,如western blot/elisa,ihc(免疫組化),over expression(過表達),rnai(rna 干擾),knockout(基因敲除),trans gene**基因)等。
3.基因網路分析
目的:根據文獻,資料庫和已知的pathway 尋找基因編碼的蛋白之間的相互關係(不超過1000 個基因)。
如何進行差異基因pathway訊號通路富集分析
3樓:
富集度又稱加濃度bai。富集
鈾中235u的丰度。du按zhi富集度富集鈾可分成低富集dao(低濃版)、中富集權(中濃)、高富集(高濃)和超富集(超高濃)鈾。 各國對富集鈾的劃分標準不盡相同,根據國際原子能 (iaea) 規定,235u含量小於20%為低富集鈾。
什麼是go富集分析，常說的go功能分析 功能分析 pathw
gene ontology可分為分子功能 molecular function 生物過程 biological process 和細胞組成 cellular component 三個部分。蛋白質或者基因可以通過id對應或者序列註釋的方法找到與之對應的go號，而go號可對於到term，即功能類別或者細...
如何理解基因突變的有害性和有利性
突變的有利或有害取決於環境條件 能適應環境的突變就是有利突變,不能適應環境的突變就是有害突變.舉個例子 一種果蠅的突變體在21c的氣溫下,生活能力很差,但是當氣溫上升到25c時,突變體的生活能力大大提高了.如果當地溫度常年21度,這個突變就是有害突變.但是如果當地溫度常年25度,這個突變就是有利突變...
如何理解電路中的負載輕,負載重，以及負載輕重和電流的關係
電路中負載需要的是功率輸入。有多大負載做多大功，需要多大的能量，也就是電功率。功率p iu,那麼負載重需要功率就大，p u i,那麼需要的功率大，也就是電流增大。電路中負載的輕重是指什麼的大小 15 負載的輕重通俗的說是指電阻的大小，電阻越大負載越輕，電阻越小負載越重。準確的說是電路的阻抗大小！阻抗...