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食品衛生標準規定的專案一般包括：①定義或性狀描述；②感官指標；③理化指標；④微生物指標；⑤檢驗方法。
食品衛生標準包括衛生質量標準、衛生管理辦法標準和檢驗方法標準三方面內容。
1.衛生質量標準
各類食品由於本身性質不同，生產加工工藝和生產、運輸、銷售、貯存的條件不同，受各種汙染物的汙染程度不同，以及消費者進食頻度和數量不同，因此，不同的食品應有不同的衛生指標和要求。食品衛生標準中所採用的具有衛生學意義的指標一般可分為以下6類：
（1）嚴重危害人體健康的指標：包括致病性微生物與毒素（如金黃色葡萄球菌毒素、黃麴黴菌毒素）、有毒有害的化學物質［如砷、鉛、汞、苯並（a）芘］、放射性汙染物等。
對這類指標的制訂必須有高度可靠的流行病學、衛生學以及毒理學方面的資料與科學基礎，制定其在食品中的最高允許量，才能確保人體健康。
（2）對人體有一定威脅或危險意義的指標：主要包括菌落總數、大腸菌群和食品某些感觀性狀發生變化的指標。如菌落總數和大腸菌群增加，提示致病菌和腸道致病菌汙染的可能性增加。
一般說來，菌落總數的多少並不預示疾病發生的可能性與危害程度，但卻反映了食品在生產加工過程的衛生狀況。如菌落總數升高時，提示加工過程中可能存在以下問題：有較重的微生物汙染源，食品的熱加工或其他消毒工藝不徹底，食品的冷卻與貯藏過程不合理，食品生產加工過程缺乏有效的衛生管理。
食品的色、香、味等感官性狀變化與存在某些有害因素有聯絡。因此，嚴格掌握這些指標，對促進食品衛生質量的提高具有重要作用。
（3）間接反映食品衛生質量的指標：包括水分、含氮化合物、揮發性鹽基氮、酸值等。這些指標不能被簡單地看作是一般質量指標，但可預示食品衛生質量可能會發生變化，因而不能忽視它們對保證食品安全的重要意義。
如食品中水分的高低對人體健康不會構成危害，但水分是食品中微生物生長繁殖的有利條件，水分越高，食品中的細菌越易生長繁殖，食品也就越易腐敗變質；奶粉中水分越高，預示著結塊、溶解度下降，易引起食後消化功能紊亂；油脂中水分高，不易貯存，可造成油脂酸敗。因此，這類指標對控制食品的安全與衛生質量亦具有不可忽視的重要意義。
（4）商品質量指標：有些食品的規格質量指標與食品衛生質量無直接關係，但又往往難以截然分開。例如酒類中的乙醇含量、汽水中的二氧化碳含量、食鹽中的氯化鈉含量、味精中的穀氨酸鈉含量等，這些指標不僅反應了食品的純度、質量，也說明衛生狀況。
如乙醇含量、二氧化碳含量可協助評價防腐作用；氯化鈉含量、穀氨酸鈉含量可以協助判斷食品有無摻假、摻雜，對促進食品衛生也起著重要的作用。
（5）營養質量指標：主要有糖類、脂肪、蛋白質、無機鹽、微量元素、維生素等營養物質。另外，也有用於評價食品營養質量的其他指標，如能量、氨基酸評分、蛋白質有效利用率等。
目前我國的衛生標準中營養質量指標尚較少，但隨著我國國民經濟的發展，國民的生活水平不斷提高，消費者對食品的營養質量的認識和需要也隨之不斷提高。所以，在我國的食品衛生標準體系中，應加快制定食品的營養質量要求與技術指標。
（6）保健功能指標：我國《食品衛生法》和衛生部頒佈的《保健食品管理辦法》都對保健食品做出了原則性的技術要求，但尚需針對保健食品的產品類別和特點進一步規定每類保健食品應符合的保健功能指標。否則，不能科學、合理地對生產經營過程中的保健食品進行功能質量的監督監測。
在制定保健功能指標時，除了規定功能因子應發揮功效作用的最低含量，同時還應根據有關安全方面的研究和評價結果，規定最高限量。保健食品的含義與要求由國家技術監督局釋出的強制性國家標準gb16740—1997《保健（功能）食品通用標準》已於2023年5月1日開始實施。這標誌著我國保健食品生產、銷售、管理進一步納入法制軌道。
2.衛生管理辦法標準
衛生管理辦法是食品衛生標準中的重要內容之一，主要是針對工藝過程和工藝條件，是保證食品衛生質量達到衛生指標要求的措施。它包括生產、銷售、貯存和運輸過程中應該具備的衛生條件和必須執行的衛生措施。
3.檢驗方法標準
在制訂食品衛生標準的過程中，必須同時制訂與衛生標準配套的檢驗方法標準。只有這樣才能保證評價食品衛生標準的一致性和權威性。我國目前國標檢驗方法有：
「食品衛生理化學檢驗方法」、「食品衛生微生物學檢驗方法」、「食品中營養素檢驗方法」、「食品安全性毒理學評價程式與方法」等。
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