簡述分子對接的主要型別及其優缺點

2025-02-27 14:30:08 字數 2206 閱讀 6001

1樓:我來跟你談談情

各種分子對接。

方法對體系均有一定的簡化,根據簡化的程度和方式,可以將分子對接方法分為三類。

剛性對接:鎮碧剛性對接方法在計算過程中,參與對接的分子構像不發生變化,僅改變分子的空間位置與姿態,剛性對接方法的簡化程度最高,計算量相對較小,適合於處理大分子之間的對接。

半柔性對接:半柔性對接方法允許對接過程中小分子構像發生一定程度的變化,但通常會固定大分子的構像,另外小分子構像的調整也可能受到一定程度的限制,如固定某些非關鍵部位的鍵長、鍵角等,半柔性對接方法兼顧計算量與模型的**能力,是應用比較廣泛的對接方法之一。

柔性對接:柔性對接方法在對接過程中允許研究體系的構像發生自由變化,由於變數隨著體系的原子數呈幾何級數增長,因此柔性對接方法的計算量非常大,消耗計算機時很多,適合精確考察分子譁盯間識別情況。

2樓:網友

分子對接方法的兩大課題是分子之間的空間識別和能量識別。空間匹配是分子間發生相互作用的基礎,能量匹配是分子間保持穩定結合的基礎。對於幾何匹配的計算,通常採用格點計算、片斷生長等方法,能量計算則使用模擬退火、遺傳演算法等方法。

各種分子對接方法對體系均有一定慧租的簡化,根據簡化的程度和方式,可以將分子對接方法分為三類。

1、剛性對接:剛性對接方法在計算過程中,參與對接的分子構像不發生變化,僅改變分子的空間位置與姿態,剛性對接方法的簡化程度最高,計算量相對較小,適合於處理大分子之間的對接。

2、半柔性對接:半柔性對接方法允許對接過程中小分子構像發生一定程度的變化,但通常會固定大分子的構像,另外小分子構像的調整也可能受到一定程度的限制,如固定某些非關鍵部位的鍵長、鍵角等,半柔性對接方法兼顧計算量與模型的**能力,是應用比較廣泛的對接方法之一。

3、柔性對接:柔性對接方法在對接過程中允許研究體系的構像發生自由變化,由於變數隨著體系的原子數呈幾何級數增長,因此柔性對接方法的計算量非常大,消耗計算機時很多,適合精確考察分子間識別情況。

3樓:匿名使用者

分子對接是通過受體的特徵以及受體和藥物分子之間的相互作用方式來進行藥告扒物設計的方法。主要研究分子間(如配體和受體)相互作用,並**其結合模式和親合力的一種理論模擬方法。近年來,分子對接方法已成運滑為計旁友臘算機輔助藥物研究領域的一項重要技術1。

分子對接出現問題求解答

4樓:

1 針情況建議按照判斷情況助於您解決問題:

1、嘗試刪除重新新增看否恢復;

2、工具桌面快捷式若安裝sd卡重新機錯丟失建議核實否新增該些快捷工具否安裝機身;若建議其轉移機身進行新增嘗試;

3、核實否刪除該些工具相應apk軟體導致資料完整載入錯誤若已刪除重要資訊(聯絡、簡訊、**等)第三軟體進行備份嘗試恢復廠設定操作原部預置功能。

若嘗試操作仍改善建議送修附近聯想服務站點進行進行具體檢測維修站點資訊登入:進行查詢請解。

我提供技術案效請您選擇效答案便供其使用者參考謝。

5樓:網友

請問安裝了版本了嗎?還需要設定的環境變數。

分子對接前,含有配體的複合蛋白怎麼處理

6樓:匿名使用者

分子對接。前,含有配體的複合蛋白怎麼處理。

我的處理方法是直接在pdb檔案上把配磨差小分子刪除培皮,然後還是需要優化下的。不過遊鉛我也是新手,不知道這麼做有沒有問題。。

分子對接求助

7樓:網友

一般而言是看前者的,因為前者是總能量,後者是相互作用能,如果還想再做的精細一點的話可以對打分程式本身做乙個評級,就是以天然底物為reference,根據對接後配體rmsd值來評價打分函式。

如何用autodock vina做分子對接後看環與環之間的距離

8樓:網友

有人用過。

autodock是一款開源的分子模擬,最主要應用於執行配體—蛋白分子對接。它由scripps研究所的olson實驗室開發與維護,目前最新版本為autodock 。另外,其使用者圖形化介面(gui)工具為autodocktools(adt),其第二代產品為autodock vina。

autodock包含但不侷限於以下應用:

x-射線晶體學。

基於結構的物設計。

先導化合物優化。

虛擬篩選。組合庫設計。

蛋白—蛋白對接。

化學機制研究。

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